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L’étape suivante vers des analyses d’urines plus rapides

Article issu du Xtra, édition 2/2019
Texte : Verena Fischer

Améliorations du flux de travail en microbiologie et diagnostic précoce grâce à la cytométrie en flux et programmation de traitements antibiotiques ciblés

Cela fait de nombreuses années que le Dr Peter Keller travaille à l’optimisation du flux de travail en microbiologie urinaire, à l’aide de systèmes automatisés. Lorsque ce professionnel de la médecine a repris les rênes de l’unité d’automatisation de l’Institut de Microbiologie Médicale à l’Université de Zurich, l’une des premières choses qu’il a faites a été d’acheter le cytomètre en flux UF-4000, destiné aux analyses urinaires, pour le service de microbiologie.

Sur les 80 échantillons urinaires approximativement qui sont analysés chaque jour à l’hôpital universitaire de Zurich, seuls 20 pour cent livrent des résultats intéressants. « Le flux de travail pourrait être nettement accéléré si ceux-ci étaient identifiés rapidement, explique le Dr Keller. En principe, nous sommes en mesure de gagner 80 % de productivité dans le traitement des échantillons qui , sinon, devraient être investigués au niveau microbiologique par une culture sur boîte de Petri. C’est un aspect important en termes de temps et de coûts, bien sûr. »

Les études confirment le gain de temps

L’équipe du département de microbiologie a mené une étude pour vérifier le gain de temps que représente l'analyse par fluorocytométrie en flux des échantillons urinaires. Une présélection a été menée sur les échantillons d’urine en les passant sur l’UF-4000 à la recherche de leucocytes et de microorganismes. L’analyseur a également évalué le Gram des bactéries. Puis les échantillons ont été étalés automatiquement par un ensemenceur automatisé sur des plaques de culture. Les opérateurs experts les ont examinés 13 à 18 heures plus tard à la recherche de signes de croissance.

« Cette étude d'évaluation a permis de vérifier si les échantillons d'urine caractérisés comme négatifs par l'UF présentaient également une culture négative. Ce qui a été le cas dans cette configuration », explique le Dr Keller. L’objectif à moyen terme est de ne mettre en culture que les échantillons qui auront été qualifiés de positifs par l’analyseur.

Avantages pour le laboratoire et l’hôpital

« L'introduction de l'UF-4000 peut réduire la charge de travail du personnel, lui laissant 50 % de temps supplémentaires à consacrer à d’autres tâches », indique le Dr Keller. En même temps, les patients dont les résultats sont négatifs reçoivent un rapport les informant bien plus rapidement qu’aucune bactérie ni cellule semblable à une levure n’a été trouvée dans leurs urines et que la cause de leurs symptômes est à rechercher ailleurs.

C’est le principal avantage qu’offre cette procédure aux professionnels de santé parce que, sans automatisation, il faudrait 18 heures pour identifier les bactéries. Et il conviendrait ensuite de procéder à un test de résistance, qui prend à son tour 24 heures, de sorte que les patients attendraient au total deux jours ouvrés pour obtenir leurs résultats. « Depuis que nous avons commencé à utiliser l’UF-4000, nous sommes en mesure d’administrer des antibiotiques le jour même », explique le microbiologiste.

Les tests ont confirmé que les échantillons urinaires qualifiés de négatifs par l’UF étaient bien négatifs aussi après culture.

Dr Peter Keller

C’est particulièrement important dans le cas des infections de la vessie, qui constituent l’une des principales indications pour l’administration d’antibiotiques. L’indication Gram +/– de l’analyseur fournit des informations morphologiques supplémentaires très utiles à leur détection et aide à choisir le traitement ciblé par antibiotiques. « La point critique pour un test de résistance est le nombre de bactéries déposé sur le milieu de culture.

Pour le mesurer au microscope, vous devez attendre au moins quatre heures avant qu’il ne soit détectable sur un milieu, explique le Dr Keller. La cytométrie en flux vous permet de déterminer le nombre de bactéries par microlitre d’échantillon de façon plus rapide et plus précise. C’est d’une grande aide. »

Faciliter le diagnostic

L’Institut de chimie clinique de l’hôpital universitaire de Zurich dispose d’un UF-4000 pour analyser les liquides céphalo-rachidiens et les liquides articulaires. Le système d’analyse urinaire possède un mode « liquides biologiques » permettant de les analyser. Il offre sept paramètres diagnostiques par simple pression sur un bouton, dont les leucocytes et les bactéries, afin de détecter de façon fiable les méningites avec un faible nombre de bactéries par exemple.

Il peut être utile d’envisager une collaboration entre les équipes de chimie clinique et de microbiologie puisque les deux tirent avantage de l’UF. « C’est faisable dans les sites qui rassemblent à la fois la chimie et la microbiologie cliniques au sein d’un même laboratoire, explique le Dr Keller. Malheureusement, la règlementation rend actuellement la chose plutôt difficile. »

La chimie et la microbiologie cliniques profitent toutes deux de l’UF-4000

Dr Peter Keller

Ajuster les modèles tarifaires

Dans certains pays européens, les laboratoires de microbiologie ont été dans l’incapacité, pour le moment, d’obtenir un remboursement des analyses urinaires réalisées avec la cytométrie en flux dans tous les pays. Ces appareils sont classiquement installés dans le laboratoire de chimie clinique. Le Dr Keller pense que les laboratoires de microbiologie devraient maintenant faire pression sur les politiciens pour qu’ils ajustent les modèles tarifaires pour leur permettre de les utiliser aussi. « Le diagnostic urinaire est sans aucun doute le domaine qui traite les volumes les plus importants. »

Les systèmes de PCR sont toujours utilisés pour analyser les liquides articulaires et pour tester les infections associées au système nerveux central.
« Pourtant, chaque analyse coûte entre 70 et 120 euros en Suisse, affirme le microbiologiste. Si j’étais en mesure de faire une analyse par cytométrie en flux, pour un prix bien moindre, pour savoir que l’échantillon ne contient pas le nombre pertinent de bactéries, cela accélèrerait les choses tout en étant bien plus économique. »

Un seul cytomètre en flux suffit à traiter les échantillons d’urine correspondant à la charge de travail d’un laboratoire de microbiologie de taille moyenne. « À moyen terme, je pense qu’il est judicieux d’acquérir deux appareils pour garantir leur disponibilité », indique le Dr Keller.

Résumé

  • Les cytomètres en flux analysant les urines soulage le personnel de laboratoire de microbiologie et accélèrent les procédures diagnostiques.
  • L’UF-4000, avec son indication Gram +/–, aide le clinicien à cibler le traitement antibiotique

 

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